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DeepMind推出AlphaFold,可通過氨基酸序列預測蛋白質結構

發布時間:2018-12-04 14:53:39來源:pingwest

  PingWest 品玩 12 月 4 日訊,根據英國衛報報道,周日在墨西哥坎昆舉辦的一場國際會議中,DeepMind 的最新 AI——AlphaFold 成功地根據基因序列預測出蛋白質的 3D 形狀。

  “蛋白質折疊”是一種分子折疊形式。生物由蛋白質構成,生物體功能由蛋白質形狀決定。理解蛋白質的折疊方式可以幫助研究人員更好的了解蛋白質本身的功能。

  DeepMind 為預測“蛋白質折疊”開發了 AlphaFold,并以該項目參加了 Critical Assessment of Structure Prediction (CASP)。CASP 是一年兩次的蛋白質折疊奧運會,吸引了來自世界各地的研究小組。比賽的目的是根據氨基酸列表來預測蛋白質的結構,這些氨基酸列表會在幾個月內每隔幾天發送給參賽團隊。這些蛋白質的結構最近已經通過傳統方法破解,作為比賽的正確答案。

  盡管是首次參加比賽,AlphaFold 就在 98 名參賽者中名列榜首,準確地從 43 種蛋白質中預測出了 25 種蛋白質的結構。而同組比賽中獲得第二名的參賽者僅準確預測出了 3 種。值得一提的是,AlphaFold 關注從零開始建模目標形狀,并不使用先前已經解析的蛋白質作為模板。AlphaFold 在預測蛋白質結構的物理性質上達到了高度的準確性,然后基于這些預測可以使用兩種不同的方法預測構建完整的蛋白質結構。
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